دین اسلام و مذهب تشیع دین و مذهب رسمی اصفهان است ولی از سده‌های پیش ارامنه، یهودیان، بهاییان و زرتشتیان و سایر اقلیتهای مذهبی نیز در شهر زندگی می‌کرده‌اند. جلفا که در جنوب اصفهان قرار گرفته منطقه‌ای است که بیشتر ارمنی نشین می‌باشد و از منطقه‌های خوب شهر نیز قلمداد می‌شود. اصفهان شهری است که اسلام به صورت تدریجی و آرام آرام به رضا و رغبت از سوی مردم اصفهان پذیرفته شد[نیازمند منبع]. یکی از صحابه پیامبر اسلام و از شیعیان امام علی به نام «عبدالله بن بریر خزاعی» اسلام را به اصفهان آورد.[40] ورود مذهب تشیع به این شهر در طی چندین دوره زمانی صورت گرفته که مهمترین آن عبارتنداز: هجرت ابن هلال ثقفی از کوفه به این شهر، اقامت و تبلیغ صاحب بن عباد وزیر آل بویه در این شهر، هجرت تبلیغی علامه حلی و شاگردانش به همراهی و حمایت الجایتو (شاه خدا بتده) پادشاه شیعه مغول، و در آخرین دوره در دوره صفویه و هجرت علمای جبل عامل به این شهر، بافت شیعی این شهر به نقطه تکامل رسید.
یهودیان اصفهان از قدیمی ترین اهالی این شهر می‌باشند که در گذشته در محله جویباره (اصفهان) ساکن بوده‌اند ولی اکنون بیشترشان به خارج کشور مهاجرت کرده‌اند، معدود یهودی‌های باقی‌مانده هم بیشتر در خیابان فردوسی ساکن هستند.
«در اصفهان، ارامنه و دیگر شاخه‌های مسیحی، زرتشتیان، بانیان-هندوهای تاجرپیشه- و یهودیان زندگی می‌کردند. اصفهان در جایگاه یک پایتخت و با شکوفایی سیاسی، اقتصادی و فرهنگی که در روند تاریخی خود داشت، همواره کانون نگرش اقلیت‌ها بود.»[41][42]
