مرگ فرورتیش پدر هووخشتره و شکست مادی‌ها، منجر به استقرار فرمانروایی سکاها در ماد شد.[22] سکاها علی‌رغم قتل و غارتی که در کشورهای مغلوب خود، از جمله ماد می‌کردند نتوانستند یک امپراتوری واقعی تشکیل بدهند و پایه‌های حکومت خود را در آن کشورها مستحکم کنند. پادشاهی ماد هم در این دوران به حیات خود ادامه داد و سکاها نتوانستند اساس دولت ماد را تخریب کنند و قدرت مادها بعد از پایان فرمانروایی سکاها کم‌تر از گذشته نبود. قدرت گرفتن سریع دولت ماد در زمان هووخشتره هم این ادعا را ثابت می‌کند و ظاهراً مادها در این دوران تنها خراج سنگینی به سکاها می‌پرداختند.[23][24]
هووخشتره نیز احتمالاً در همان زمان به قدرت رسید. سرانجام وی در حدود سال 625 پیش از میلاد نبرد خود را علیه سکاها شروع کرد و توانست به 28 سال فرمانروایی آن‌ها بر مادها خاتمه دهد.[25] در این زمینه هرودوت می‌نویسد «هووخشتره و مادها آن‌ها را (منظور سکاها و سران آن‌هاست) به جشنی دعوت کردند و مست کردند و همه را از دم تیغ گذراندند و بدین طریق سلطنت خود را نجات دادند و آن‌چه را پیش‌تر داشتند به تصرف درآوردند».[26][27]
البته هرودوت در شرح شرایط سکاها و مادی‌ها و برخورد آن‌ها مطالبی بیان کرده که اشتباه است. وی می‌نویسد: «… هووخشتره نینوا را محاصره کرد، لشکر بزرگی از سکاها به فرماندهی مادیا فرزند پارتاتوآ سررسیدند… سکاها (ماد را) متصرف شدند.» این گزارش با شواهد به‌دست‌آمده از منابع شرقی در تضاد است و احتمالاً برپایه? خطایی دیگر پیش‌آمده‌است: ممکن است سکاها به رهبری مادیس در جریان جنگی با پدر سیاخارس و آشوری‌ها به پیروزی دست‌یافته‌باشند. برای اینکه بپذیریم پروتتیس (پارتاتوای آشوری) پدر مادیس، در جنگ ماد و آشور در دهه? 670 پیش از میلاد شرکت داشته‌است و بعدها سکاها با آشور متحد شده‌اند، چند دلیل وجود دارد. برای نمونه، در جریان جنگ با بابل در دهه? 650 پیش از میلاد، در منابع آشوری در این جنگ از مادها با عنوان گوتیوم یاد شده‌است، نامی کهن برای اشاره به بومیان سرزمین‌های شرق بین‌النهرین. استفاده از چنین نام کهنی برای پادشاهی‌های هم‌عصر آشور، مانند مگان برای مصر و ملوها برای اتیوپی، گواهی بهتری است. به چیرگی آشوری‌ها بر گوتیوم اشاره نشده‌است، اما، ممکن است این دستاورد توسط متحدان سکایی‌شان به‌دست آمده‌باشد.[28]
آن‌چه که هرودوت بیان کرده نه در دوره? هووخشتره بلکه در دوره? فرورتیش و یا بلافاصله بعد از کشته شدن وی رخ داده است. اگر این گفته? هرودوت را بپذیریم و فرض کنیم هووخشتره پس از مرگ پدرش فرورتیش (در سال 623 پیش از میلاد) به حکومت رسیده باشد باید ولادتش در حدود سال 675 پیش از میلاد بوده باشد (در غیر این صورت امکان سرکردگی وی برای جنگ با آشور وجود نداشت)، در این صورت در اواخر سلطنت خود در سال 585 پیش از میلاد نزدیک به 90 ساله بوده که پذیرش آن دشوار است. علاوه بر این باید فرض کنیم مادی‌ها بزرگ‌ترین اقدام تاریخ خود یعنی نابودی دولت آشور را زمانی که خود تحت انقیاد سکاها بوده‌اند، انجام داده‌اند که این علاوه بر آن‌که از نظر منطقی غیرمحتمل است با منابع و اطلاعاتی که تاریخ گد، بروس، کتسیاس و حتی خود خود هرودت در اختیار گذاشته‌اند متناقض است.[29][30][31]
به هوخشتره مطمئناً در سنگ‌نوشته? بابلی گد در هنگام سقوط آشور تحت نام مو-ما-کیشتار شار اومان-مان-دا اشاره شده است. احتمالاً در این سنگ‌نوشته هر جا از «شاه اومان-مان-دا» (لفظ قدیمی اکدی برای نامیدن بربرهای شمالی) یا «شاه ماد» نام برده‌شده، مقصود هوخشتره است. مترادف بودن این دو لقب توسط فرانسوا تورو-دانگن در مورد نامه‌ای در مورد شرکت ماد در بابل در هنگام محاصره? کران (حرّان امروزه) کمی بعد از سقوط نینوا در سال 612 پیش از میلاد نشان داده‌شده‌است.[32]
